Perú Compras se organiza y estructura de acuerdo con su Reglamento de Organización y Funciones (ROF). Cuenta con un jefe que es la máxima autoridad ejecutiva, titular del pliego y representante legal de la entidad, el cual es designado mediante resolución suprema refrendada por el ministro de Economía y Finanzas por un periodo de tres años renovables.
Texto conforme a la Ley N.º 32069, Ley General de Contrataciones Públicas. Este contenido es referencial y con fines de estudio; la versión oficial es la publicada en El Peruano.